時は戦國、武田勢の冷酷無殘な仕打ちに愛想をつかした若き忍者越智吉丹は、一國一城の主の夢を抱き、諸國をさまよったが、この吉丹を、武田隨一の忍者の雀の三郎左がつけ狙っていた。三郎左とは別に吉丹を狙っていた銅子播磨と吉丹は、ふとめぐりあった山猿のような田舎武士にすすめられ、馬借隊の群に身をかくすこととなった。馬借隊とは、有吉宗介を隊長に、お磯ことさぎりが指揮し、米や塩をはこぶことを職業(yè)としていた。この馬借隊に當(dāng)時の最新式武器“種ケ島の運搬をたのみに來たのが例の田舎武士、実は織田家の家臣木下藤吉郎だった。藤吉郎のたくみな弁説に有吉の一黨はこの運搬をひきうけた。また藤吉郎は村上水軍の參謀百蔵と滝姫を口説きおとしてこれまた運搬をやくそくさせた。種ケ島が運び込まれた日、村上水軍の船に武田の忍者が襲いかかったが、荷の中味は石コロだった。一方、有吉の一黨も荷をつんで出発した。これを追う武田の忍者たち、そして更にだまされたと知ってこれを追った村上水軍たち。隨所ではげしい戦いが展開され、ついに武田の忍者のため全滅しようという時、蜂須賀小六をひきいた藤吉郎が現(xiàn)われた。そして荷の中味はニセモノで、ほんものはすでに小六たちが運んだという。これを知った吉丹は藤吉郎のとめるのも聞かず、さぎりとともに平原のかなたに消えていった。
劇情片